Biuro początkowo funkcjonuje jako Wojewódzki Urząd Ziemski wraz z Urzędami Powiatowymi, gdzie utworzono Wydział Techniczno-Pomiarowy (21.01.1945). Po  zespoleniu w 1946 roku urzędów ziemskich z władzami administracji ogólnej utworzono przy Wydziale Rolnictwa i Reform Rolnych Urzędu Wojewódzkiego — Wydział Pomiarów Rolnych. W tym czasie w skład województwa wchodziło 19 powiatów (w tym 4 miejskie), 186 gmin i 1861 wsi. Powierzchnia ogólna woj. wynosiła 15918 km². W drodze kolejnych reorganizacji służby urządzeń rolnych i geodezyjnych Biuro przekształciło się w Wojewódzki Zarząd Urządzeń Rolnych, a następnie w Oddział Geodezji i Regulacji Rolnych, Wojewódzkie Biuro Geodezji i Terenów Rolnych. W 1975 roku w wyniku wprowadzonych zmian w podziale administracyjnym powstało miejskie województwo krakowskie (38 gmin, pow. 3255 km², w tym 2284 km² użytków rolnych) i Krakowskie Biuro Geodezji i Terenów Rolnych.

W Krakowie, Myślenicach i Proszowicach powołane zostały Rejonowe Biura. Od 1992 roku funkcjonuje po zrezygnowaniu z układu rejonowego w obecnym kształcie organizacyjnym. Od dnia 1.01.1999 roku Biuro zostaje włączone do struktur organizacyjnych Urzędu Marszałka Województwa Małopolskiego.

Z dniem 1 stycznia 2011 r. forma organizacyjna Biura zostaje zmieniona z zakładu budżetowego na jednostkę budżetową.